中国科学院边缘海地质重点实验室2003年9月正式成立，是由中国科学院南海海洋研究所和中国科学院广州地球化学研究所共同组建的学术平台。中国科学院南海海洋研究所长期从事南海海洋地质和地球物理研究，有先进的海洋探测仪器设备和调查船，积累有丰富的研究资料，在海洋构造与地球物理、海洋沉积与环境等方面取得了一系列重要成果。中国科学院广州地球化学研究所长期从事有机地球化学、同位素地球化学和大陆边缘地质与成矿学研究，有国际一流水平的地球化学测试仪器，在地球化学和大地构造研究方面在国内具有很强的学术优势。为两所海洋地质、地球物理、和地球化学等专家开展富有成效的合作提供了良好的工作平台，形成了在学科配备、人才队伍和仪器设备等方面具有国际先进水平的一支边缘海地质研究力量，增强了边缘海地球动力学及海洋沉积过程与环境研究领域的原始创新能力。
            以南海及邻区为主要研究对象，围绕“边缘海的形成演化及其资源环境效应”主题，面向深远海，开展边缘海岩石圈结构及其形成演化的动力学过程、矿产资源形成与分布规律、古气候环境变化与近代环境变迁三个方面的研究，为边缘海地球动力学和全球变化理论的发展，为国家海洋经济发展和维护海洋权益做出基础性、前瞻性和战略性的重大贡献。