南海所科考船队建于1961年，在国家和科学院的支持下，随着科研工作不断开展和深入，南海所的海洋科学考察船队也逐步建设，逐步壮大。近年来，南海所船队越来越多地承担国家和科学院重点科研课题的海上调查任务。特别是在完成“七·五”、“八·五”、“九·五”、“十·五”国家任务期间，“实验2”、 “实验3”两船共执行了160多个航次的海上考察任务。安全航行于南海、东海、黄海、西太平洋等海区，先后到过美国关岛、菲律宾、日本、韩国、所罗门群岛、巴布亚新几内亚等国家和香港地区。

　　科考船队除了完成本所承担的国家纵向科研任务外，与中国科学院系统多个研究所也有长期的多项科研合作，与国内其他部和科研机构、大专院校、海洋石油勘探开发部门也有良好的合作。在国际合作方面，先后和德国基尔大学、美国乔治亚理工大学、美国伍兹霍尔海洋研究所、美国海军研究院、美国NASA、TOGA-COARE国际气象组织开展了多次的国际合作交流。

　　多年来，“实验2”、“实验3”两科学考察船在每个不同海区航行考察都能保证安全，能圆满完成每次不同性质要求的科考任务。至2003年1月止，在海上一共安全航行348689海里，没有出现过任何碰撞、触礁、搁浅、机损等不安全的事故。

　　中科院南海所科考船队拥有一套严密的、切实可行的船舶管理制度。一九九七年获得广东省直属机关“文明单位”，一九九七年同时获得国家劳动人事部、中国科学院“先进集体”，一九九八年获得中国科学院广州分院、广东省科学院“文明集体”，一九九九年获得广东省委、广东省人民政府“文明单位”。二○○二年获得中国科学院广州分院、广东省科学院“先进基层党组织”。并且在1997年是全国海洋科研单位首家通过了ISO9002质量管理体系的论证，管理规范化。中科院南海所科考船队现有在编人员77人，船员66人，每个船员均通过中国海事局按国际海事协会要求的安全专业技能培训，并且在2002年1月1日以前全部获得相应的适岗证书。科考船上的驾驶、机仓、仪器设置主要管理人员均毕业于高层次的专业院校，有多年长期在海上工作的丰富经验。可以胜任各种特殊的海上考察、科研项目实验需要。南海所科考船队有现役的海洋考察船两艘。

　　“实验2”轮是1100吨级的海洋地球物理勘探船，1979年由广州造船厂建造。船长68.45米，船宽10米，吃水3.65米，双主机，1100匹马力×2，可调螺距桨，最大航速11.5节，续航力5000海里，定员70人。该船拥有先进的DGPS差分定位系统，多波束地貌仪，风浪自动补偿测深系统，反射、折射地震探测系统，电火花阵列装置，海洋重力，海洋磁力，旁侧声纳，浅地层剖面仪等调查设备。主要用于海洋油气、矿产资源开发等有关的地质，地球物理和海洋工程环境与井场、管线工程调查。“实验3”轮是3300吨级的海洋综合考察船，1980年由上海沪东造船厂建造。船长104.21 米，船宽13.74米，吃水4.95米，双主机，4800匹马力×2，最高航速19.5节，续航能力9000海里，定员94人。该船拥有先进的G.P.S.导航系统和雷达避碰系统。温、盐、深探测系统，CTD-多瓶采水系统，化学分析极谱仪，浮游生物采集器，万米测深仪，波浪浮标，ADCP走航式探测系统，3000米生物绞车，3000米水文绞车，6000米地质绞车，13700米的底栖生物绞车等。配有水文、化学、生物、物理、地质等13个实验室。主要用于海洋环境，海洋生态，海洋生物资源开发和海——气相互关系等方面的综合调查。

　　科考船队还配套有中国科学院惟一的，建于1982年的3500吨级海洋科学考察船码头。该码头位于广州市郊珠江淡水区域，码头泊位长115米，负水深6.7 米。配有一台固定的2.5吨吊车，岸上占地面积达4200平方米。有完善的供电、供水系统，具备有存放大型仪器设备仓库和一栋1000多平方米的三层楼房。

　　中科院南海所科考船队有多年的海上专业调查、海上实验的经验。可以承担国家的各种纵向海洋科考、海洋实验、军工任务等科研，也可以承担各种横向经济开发、海洋石油、海洋工程、海洋地质、海洋环境、海洋生物、海洋声学试验等调查评估的服务。